亲和素是从蛋清中提取的一种糖蛋白，由四个相同的亚基组成。而链霉亲和素是由链霉菌分泌产生的蛋白质，同样为四聚体结构。链霉亲和素的糖基化程度相对较低，这使得它在某些应用中具有更好的稳定性和更低的非特异性结合。两者都能与生物素（Biotin）特异性结合，且结合亲和力极高，解离常数（Kd）通常在 10⁻¹⁴ - 10⁻¹⁵ M 左右。然而，亲和素的等电点较高（约 10 - 10.5），在生理 pH 条件下带正电荷较多，这可能导致其与带负电荷的生物样本成分（如核酸、细胞膜等）有一定的非特异性静电相互作用。链霉亲和素的等电点相对较低（约 5 - 6），在生理 pH 下电荷相对中性，非特异性结合相对较少，尤其在复杂生物样本中的应用更具优势。

链霉亲和素在较宽的温度、pH 范围以及不同的化学环境下都表现出较好的稳定性。它可以耐受一定程度的高温、变性剂和蛋白酶处理，这使得在一些需要苛刻条件的实验操作或工业生产过程中更适合使用。亲和素在极端条件下的稳定性相对较差，例如在酸性环境或高温长时间处理时可能会发生变性失活。对于生物分子纯化，链霉亲和素磁珠或亲和层析柱由于其稳定性和特异性，被应用于从复杂混合物中分离生物素标记的目标分子。在这个过程中，链霉亲和素的低非特异性结合有助于提高目标分子的纯度和回收率。

综上所述，链霉亲和素和亲和素在性能上各有优劣，在实际应用中需要综合考虑实验目的、样本特性、成本以及稳定性要求等因素，合理选择使用，以达到最佳的实验或生产效果。