荧光染料在众多领域有着关键应用，Cy3.5-COOH 与其他常见荧光染料在多方面存在性能差异。

首先在荧光光谱特性方面，Cy3.5-COOH 发射波长处于特定范围，通常在近红外区域，这使其具备较强的组织穿透能力，相比一些可见光波段的荧光染料，如 FITC（异硫氰酸荧光素），在进行活体成像等应用时，能够更好地穿透生物组织，减少组织自身的背景荧光干扰，获得更清晰的成像效果。而 FITC 发射光波长较短，在深层组织成像时穿透力不足。

光稳定性上，Cy3.5-COOH 表现出较好的稳定性，在长时间光照条件下，其荧光强度衰减相对缓慢。与之对比，像罗丹明类的部分荧光染料，经过较长时间照射后，荧光强度会明显下降，影响持续观察和检测的准确性。

在水溶性方面，Cy3.5-COOH 经过合理修饰后可以具备良好的水溶性，便于在水性环境中应用，比如在生物样本标记的溶液体系里能均匀分散。但一些脂溶性较强的荧光染料在水性体系中容易出现聚集现象，不利于均匀标记。

生物相容性也不容忽视，Cy3.5-COOH 由于其化学结构特点，经过适当处理后对生物细胞等的有害性较低，能较好地用于生物体内标记及成像等操作。而某些传统荧光染料可能会对细胞活性产生一定影响，限制了其在生物医学研究中的使用。

综上所述，Cy3.5-COOH 在诸多性能上有着独特优势，在生物成像、化合物递送等对染料性能要求较高的领域有着应用前景。