Cy5 属于花青素荧光染料，其分子结构赋予它诸多良好特性。分子内高度共轭的体系使其消光系数高，意味着能高效吸收特定波长光，进而产生明亮荧光。同时，Cy5 对环境 pH 变化不敏感，在多样实验条件下都能稳定呈现荧光。其激发波长约 650nm，发射波长约 670nm，荧光处于远红光区。在此长波长光谱范围，生物样品内的蛋白质、核酸等固有成分自发荧光微弱，背景荧光低，而常用检测器对该波段光响应灵敏，所以 Cy5 检测灵敏度极高。不过，由于其发射光波长较长，处于人眼视觉范围边缘，很难被裸眼直接观察到。并且汞灯发射光谱主要集中在可见光区，无法为 Cy5 提供合适激发光，因此，通常需借助共聚焦显微镜，该显微镜配备能发射 650nm 左右激发光的光源，搭配远红外检测器，可准确捕捉 Cy5 发射的远红荧光，满足对 Cy5 标记样品的观察需求。